FrameMakerとInDesign は「目的」が違うソフト
FrameMakerはよくInDesignと比較検討されます。「何が違うのか？」と聞かれます。
ひと言でいうと、「目的が違う」ソフトと言えそうです。
確かに、段落スタイル、文字スタイル、相互参照など基本的な機能面では似ています。相互参照などはその昔InDesignには搭載されていませんでしたが、バージョンを重ねるごとに便利になり、今では基本的な機能の種類に差は無いように見えます。
印刷やデジタルパブリッシング用のプロフェッショナルページレイアウトアプリケーションである Adobe InDesign では、印刷、web およびタブレットアプリ用の幅広いコンテンツをデザイン、プリフライト、パブリッシュできます。また、テキスト編集の正確なコントロール、ビルトインのクリエイティブツール、直感的なデザイン環境が用意されており、Adobe Photoshop、Illustrator、Acrobat および Adobe Animate と密接に連携して使用できます。
InDesign／よくある質問 から引用
うーん、おっしゃるとおりです！！
日本語の扱いに関しては圧倒的にFrameMakerよりInDesignの方が優れています。そもそもFrameMakerは縦書きができませんし。
そして、「直感的なデザイン環境」。これも頷けます。グラフィック関係機能も充実していますし、参照で取り込むAdobe Illustratorファイル（.ai）の大きさを内容で認識します（FrameMakerはアートボードで認識します。こちらの方が問題！！.epsはどちらも内容で認識します）。
Creative Cloudに含まれてもおり、例えばDTP環境を整えるときに選択肢に上りやすいことは間違いありません。
InDesignが素晴らしいソフトであることは疑いようもありません。
個々の機能にも機能差はありその説明は他の資料に譲るとして、これからはXMLとの関係性において言及したいと思います。
PS:
ちなみに、FrameMakerでの参照グラフィック（インセット）には、.aiがおすすめです。.epsでは表示があまりにもぼんやりしていて、FrameMakerのグラフィック機能でキャプションを入れることすらままなりません。
しかし、.aiにするなら内容の大きさでアートボードを切るか、正確にアートボードの中心にイラストを描くしかありません。
対策としては、内容の大きさでアートボードを切るIllustratorスクリプトを作るのが良いと思います。
とはいえ、InDesignでは実現しているのですから、FrameMakerでも改善していただきたいことのひとつです。
さらにPS:
過去のコラムを見てみたら、「FrameMakerとInDesign」というタイトルで書いていますので、もともと「FrameMakerとInDesign」というこのコラムのタイトルを変更しました。